وسيتم معالجة هذه الضمانات على مرحلتين الأولى في مرحلة التحري الأولي والثانية في مرحلة التحقيق الابتدائي.
أولا: ضمانات حماية قرينة البراءة في مرحلة التحري الأولي:وهو ما نصت عليه المادة 12 من قانون الإجراءات الجزائيةوبالرجوع إلى إجراءات التوقيف للنظر فقد أحاطه المشرع بمجموعة من الضمانات حتى لا يكون في ذلك مساس بالحرية الشخصية للمتهم، على اعتبار أن ضمان حماية الحرية الشخصية يعتبر من أهم النتائج المترتبة على قرينة البراءة،
وفي نفس الوقت ضمانا لعدم إهدار حق المجتمع في العقاب لابد من إحاطة هذا الإجراء بمجموعة من الضمانات.والتي تعتبر تكريسا لمبدأ الشرعية الدستورية في المجال الاجراءات الجزائية . حيث أنه بالرجوع الى المادة 44 وما يليها من التعديل الدستوري لسنة 2020 نجدها تنص عبى مجموعة من الضمانات الدستورية في مجال المتابعة الجزائية وتحديدا مرحلة التحري الأوليكما نصت المادة 45 على مدة التوقيف للنظر وحقوق الشخص الموقوف للنظر
اما في مرحلة التحقيق الابتدائي تتمثل في الضمانات التالية وهي
100احاطة المتهم علما بالتهم المنسوبة اليه: ألزمت المادة من ق ا
-تنبيه المتهم بحقه في عدم الادلاء بأي تصريح-حق الصمت-: كما ورد في المادة 100 "
3-حق المتهم في الاستعانة بمحامي:برجوع لنص مادة 175
بإضافة إلى أن هناك الضمانات هامة الخاصة بالمتهم ذات صلة بالقاضي متعلقة بالمجريات المحاكمةمن الدستور الجزائري
1-استقلالية القاضي الجزائي:بالرجوع إلى المادة 163 من التعديل الدستوري 2020 نصت على مايلي:"القضاء سلطة مستقلة."كما نصت المادة 173
2- مبدأ حياد القاضي: وهذا ما ورد في النص مادة 38 مشار إليها سابقا
3-مبدأ تخصص القاضي الجزائي كضمان لحقوق المتهم
4-نظام المحلفين كضمان للمحاكمة العادلة
حيث نصت المادة 170 من التعديل الدستوري على أنه: يمكن أن يساعد القضاة في ممارسة مهامهم القضائية مساعدون شعبيون وفق الشروط التي يحددها القانون. كما نصت المادة 258 من ق ا ج على أن من ضمن تشكيلة محكمة الجنايات الابتدائية والاستئنافية أربعة محلفين.باستثناء الجنايات المتعلقة بالإرهاب
5-مبدأ القضاء الطبيعي كضمان للمحاكمة العادلة بإضافة إلى مبدأ علانية المحاكمةفي المادة 285ق ا ج.
متعلق بالمجريات المحاكمة التي تشمل أيضا مبدأ الوجاهية وشفوية الإجراءات المحاكمةوهو ما نص عليه المشرع في المادة 212 ق ا ج.